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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  45 lines
  1. ****************************************************
  2. * SRP54-type proteins GTP-binding domain signature *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. The signal recognition particle (SRP) is  an oligomeric  complex that mediates
  6. targeting  and  insertion of  the signal  sequence of  exported  proteins into
  7. the membrane  of the  endoplasmic reticulum.  SRP consists of a 7S RNA and six
  8. protein subunits.  One of these subunits, the 54 Kd protein (SRP54), is a GTP-
  9. binding protein that interacts with the signal sequence  when  it emerges from
  10. the ribosome.  The  N-terminal 300  residues of  SRP54 include the GTP-binding
  11. site (G-domain)    and  are  evolutionary  related to similar domains in other
  12. proteins which are listed below [1].
  13.  
  14.  - Escherichia  coli and Bacillus subtilis ffh  protein (P48), a protein which
  15.    seems to be the prokaryotic counterpart of SRP54.  Ffh is associated with a
  16.    4.5S RNA in the prokaryotic SRP complex.
  17.  - Signal recognition particle  receptor  alpha  subunit (docking protein), an
  18.    integral membrane GTP-binding protein which ensures,  in  conjunction  with
  19.    SRP, the correct targeting of nascent secretory proteins to the endoplasmic
  20.    reticulum membrane.  The G-domain is located at the C-terminal extremity of
  21.    the protein.
  22.  - Escherichia  coli  ftsY protein, a protein coded in an operon essential for
  23.    cell division  and  which is believed to play a similar role to that of the
  24.    docking protein  in  eukaryotes.  The G-domain is located at the C-terminal
  25.    extremity of the protein.
  26.  - The pilA protein from Neisseria gonorrhoeae  which  seems to be the homolog
  27.    of ftsY.
  28.  - A protein from the archaebacteria Sulfolobus solfataricus. This protein  is
  29.    also believed  to  be  a  docking  protein.  The G-domain is also at the C-
  30.    terminus.
  31.  
  32. The best conserved  regions in  those domains are the sequence motifs that are
  33. part of the GTP-binding site, but as those regions are not specific  to  these
  34. proteins, we did not use them as a signature pattern.   Instead, we selected a
  35. conserved region located at the C-terminal end of the domain.
  36.  
  37. -Consensus pattern: P-[LIVM]-x-[FYL]-[LIVMA]-G-x-G-[EQ]-x(4)-[LIVMF]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: a  186  Kd   protein  (ORF 1)  from
  40.  narcissus mosaic virus (NMV).
  41. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Althoff S., Selinger D., Wise J.A.
  44.      Nucleic Acids Res. 22:1933-1947(1994).
  45.